ANALISA DESAIN PARALELISASI NEEDLEMEN – WUNSCH

Asril Adi Sunarto

Abstract


Identifikasi DNA yang didalamnya termasuk pensejajaran urutan (sequence Alignment) DNA memerlukan metode tersendiri. Salah satunya metode Needlemen–Wunschyang menggunakan dynamic programming. Teknik dynamic programming mempunyai kompleksitas hingga O(n2). Salah satu cara untuk mereduksi kompleksitas yang ada yaitu dengan menggunakan komputer paralel. Harapannya dengan memanfaatkan beberapa komputer independen secara bersamaan waktu proses menjadi berkurang. Sayangnya, tidak serta merta menggunakan komputer paralel waktu pemrosesan menjadi berkurang. Penelitian ini menganalisa desain yang mungkin terjadi menggunakan dua processor untuk mereduksi kompleksitas dari metode Needlemen–Wunschsehingga dapat diketahui efisiensi, speed upyang ada.Berdasarkan hasil perhitungan kompleksitas, nilai speed up mencapai satu dan effisiensi mencapai 50%. Artinya, pemrosesan menggunakan processor tunggal dan menggunakan dua processor hasilnya tidak signifikan, bahkan hasilnya cenderung sama.

Full Text:

PDF

References


Adi, Asril Sunarto, Wisnu Ananta Kusuma, Heru Sukoco. Parallelization of star alignment.ICICI-BME. Bandung. 2013. IEEE doi: 10.1109/ICICI-BME.2013.6698486. [2] Baxevanis AD, Ouellette BFF. Bioinformatics A Practical Guide to the Analyses of gene and Proteins.. New York. A John Wiley & Sons, Inc., Publication. 2001. [3] Foster Ian. Designing and Building Parallel Programs: Concept and Tools for Parallel Software Engineering.Reading, MA: Addison - Wesley.1995. [4] Gusfield Dan.. Efficient methods for multiple sequence alignment with guaranteed error bounds. Computer Science Division University of California. 1991. [5] Jones Neil C. and Pavel A Pevzner.An Introduction to Bioinformatics Algorithms.Massachusetts Institute of Technology, USA. 2004. [6] Katoh Kazutaka dan Hiroyuki Toh.Parallelization of the MAFFT multiple sequence alignment Program. Bioinformatics Vol. 26 no. 15 2010, pages 1899–1900doi:10.1093/bioinformatics/btq224. 2010. [7] Katoh Kazutaka, Kazuhara Misawa, Kei-ichi Kuma dan Takashi Miyata. MAFFT:a Novel Method for Rapid mutiple Sequence alignment Based on Fast Fourier Transform. Nucleic Acids Research Vol. 30 No. 14 3059-3066. 2002. [8] Needleman S. and Wunsch, C. D. A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J. Mol. Biol. 48, 443-453. 1987. [9] Quinn Michael J. Parallel Programming In C And With MPI OpenMP. McGraw-Hill. New York - USA. 2003. [10] Sing et al. Role Of Bioinformatics In Agriculture And Sustainable Development. Banaras Hindu University, India. 2011. [11] Smith and Waterman.Identification of Common Molecular Subsequences. J. Mol. Bwl. (1981), 147, 195-197.1981.




DOI: https://doi.org/10.22219/sentra.v0i2.1873

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Seketariat

Fakultas Teknik

Universitas Muhammadiyah Malang Kampus III

Jl. Raya Tlogomas 246 Malang, 65144