VARIASI ALEL PADA SUCROSE SYNTHASE 3 (RSUS3) DALAM LIMA VARIETAS PADI JAPONICA (Oryza sativa L.)

Puji Lestari, Sustiprijatno Sustiprijatno, I Made Tasma

Abstract


Sucrose synthase 3 di padi (RSUS3) berperan penting dalam respon terhadap cekaman abiotik dan pengisian biji, karena itu variasinya perlu diobservasi pada varietas japonica. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi variasi alel pada RSUS3 dalam lima varietas padi japonica dengan pembanding varietas rujukan, Nipponbare. Single nucleotide polymorphism (SNP), dan insersi/delesi (indel) berhasil diidentifikasi di daerah upstream, intron dan ekson, dan downstream gen RSUS3. Jumlah varian tertinggi ditunjukkan oleh varietas Ilpum dengan 13 SNP dan terendah pada Hwacheong dengan 10 SNP. Transisi mendominasi dan diikuti oleh transversi, dan indel minimal 1 bp diidentifikasi dalam total 6.286 bp gen RSUS3. Delesi 3 bp (CTC) ditemukan di Hwacheong dan Hwaseong pada posisi konsensus yang sama (1.255-1.257 bp). Beberapa SNP dan indel lain ditemukan di posisi yang sama pada beberapa varietas padi yang menunjukkan kedekatan genetiknya. Berdasarkan total sekuen RSUS3, diketahui bahwa Hwacheong dekat dengan Hwaseong, demikian juga antara Ilpum dan Samkwang. SNP dan indel hasil penelitian ini bermanfaat untuk merancang primer berbasis PCR, khususnya varian di ekson yang penting sebagai marka fungsional. Analisis lebih lanjut variasi nukleotida pada gen RSUS3 perlu dilakukan untuk mengembangkan marka molekuler yang bermanfaat dalam membantu evaluasi plasma nutfah dan pemuliaan padi japonica.

Keywords


variasi nukleotida; sucrose synthase 3; padi japonica; SNP; indel

Full Text:

PDF